Sie besitzen eine besonders hohen Anteil an Ballaststoffen und wirken dadurch leicht laxativ (verdauungsfördend). Außerdem enthält die Samenschale von Flohsamen Schleime, die durch Wasseraufnahme zu einer Quellung des Flohsamen führen und damit zu einer Vergrößerung des
Darminhaltes. Der vergrößerte Darminhalt bewirkt einen Dehnungsreiz auf die Darmwand und löst damit den Reflex zur Darmentleerung aus.

Im Gegensatz zu anderen ballaststoffreichen Nahrungsmitteln wie Leinsamen oder Weizenkleie zeichnen sich Flohsamen durch eine deutlich verringerte Gasbildung im Darm aus. Außerdem besitzen sie geleeartige Eigenschaften, wodurch sie leicht auf das zehn- bis fünfzehnfache ihres Volumens quellen können. Die Wirkungsweise ist eigentlich sehr einfach: Flohsamen quillt mit Wasser sehr stark auf und füllt dadurch den Magen.
Man isst dadurch entsprechend weniger. Zudem schützt der Schleim die
Darmschleimhaut. Allerdings sollte man bei Einnahme von Flohsamen auf
ausreichend Flüssigkeitszufuhr achten, da sie sehr viel Wasser binden.